Vo svojom ťahu si hráč potiahne dve karty zo svojho balíčka a jednu si nechá, rozhodne sa podľa toho, čo chce urobiť vo svojom ťahu. Potom má k dispozícii 3 akcie. Môže otvoriť dvere izby, v ktorej sa nachádza, alebo odísť do inej izby (ak sú dvere otvorené), zneškodniť pascu, alebo schmatnúť predmet. Použitie karty nie je akcia, pokiaľ to nie je v popise karty. Akcie môžete zopakovať aj viackrát, nemôžete ale vstúpiť do izby, v ktorej je profesor Evil a tiež nemôžete odísť sami z domu.
Po ťahu každého hráča sa hýbe aj profesor Evil. Jeho pohyby po panstve sa vymykajú akejkoľvek logike. Aby sa pohol hádže hráč 3 kockami. Jedna kocka určí o koľko sa pohne druhá figúrka profesora na hodinách; druhá a tretia kocka rozhodne, do ktorej izby sa Evil pohne. Pri svojom presune zatvára profesor Evil všetky dvere a znovu aktivuje všetky zničené pasce. Farba na kocke spolu so symbolom signálu ho teleportuje cez tajné chodby do izby so vzácnym ukradnutým predmetom.
Každý z predmetov má na sebe znázornený čas a jednu alebo viac pascí. Tri predmety sa uložia na herný plán. Na každý z nich sa položí jeden žetón v jednej farbe (červený, modrý a zelený) Rovnaké tri žetóny sa umiestnia aj na hodiny podľa času, ktorý je na predmete. Napríklad, ak na predmete Magna Carta je modrý žetón a je tam čas 45 minút, položíte modrý žetón na hodinách na 45. minútu od profesora Evila. Ak profesor vstúpi na hodinách na tento žetón, predmet je už pre vás navždy stratený. A ak takto prídete o 4 predmety, hru ste prehrali. Stratený predmet položte na miesto, kam sa ukladajú skryté predmety a nahraďte ho novým. Žetón na hodinách dajte na správnu pozíciu a pokračujte v plnení misie.
Aby ste sa mohli zmocniť vzácneho predmetu, musíte sa uistiť, že všetky pasce znázornené na predmete sú deaktivované a pravdaže nemôžete vstúpiť do izby, v ktorej sa nachádza profesor. Na začiatku hry máte na pláne 8 pascí, 4 aktívne a 4 neaktívne. Čaká vás boj o vzácne predmety a občas aj o život s bláznivým profesorom Evilom. Získajte 4 predmety a spoločne porazte zlo v kooperatívnej hre Professor Evil and The Citadel of Time. Alebo profesor Evil ukryje 4 predmety a vyhrá on. A vy sa môžete vydať na novú misiu.